rnakato/ssp_drompa Docker 镜像 - 轩辕镜像

docker_ssp_drompa

SSP和DROMPA系列工具的Docker镜像仓库，集成多种生物信息学分析工具，便于快速部署和使用。

镜像概述和主要用途

本镜像包含以下工具及版本：

• SSP 版本 1.3.2
• DROMPAplus 版本 1.19.0
• DROMPA 版本 3.7.2
• ChIPseqTools 版本 1.0.0
  同时内置Python 3.9环境，适用于需要上述工具进行生物信息学数据分析的场景，无需手动配置依赖，可直接运行工具。

核心功能与特性

• 工具集成：整合SSP、DROMPA、DROMPAplus及ChIPseqTools等多种生物信息学工具
• 预配置环境：工具已预安装并配置路径，可直接调用
• 明确的安装路径：
  • SSP 可执行文件：/home/SSP/bin/
  • DROMPA3 可执行文件：/home/DROMPA3/
  • DROMPAplus 可执行文件：/home/DROMPAplus/bin
  • ChIPseqTools 可执行文件：/home/ChIPseqTools/bin
  • Python 3.9：/usr/local/bin

更新日志

• 2024年6月
  • 将DROMPAplus更新至v1.19.0

使用方法

Docker

bash
# 拉取镜像
docker pull rnakato/ssp_drompa

# 执行drompa+工具示例
docker run --rm -it rnakato/ssp_drompa drompa+

Singularity

bash
# 构建Singularity镜像
singularity build -F rnakato_ssp_drompa.sif docker://rnakato/ssp_drompa

# 执行drompa+工具示例
singularity exec rnakato_ssp_drompa.sif drompa+

从Dockerfile构建镜像

1. 克隆仓库并进入目录：

bash
git clone [***]
cd docker_ssp_drompa

2. 执行构建命令：

bash
docker build -t <账户名>/ssp_drompa .