rnakato/database Docker 镜像 - 轩辕镜像

docker_database 镜像文档

镜像概述和主要用途

docker_database是一个用于下载参考数据和制作索引文件的Docker镜像，同时作为Churros（[***]

核心功能和特性

基础系统环境

• 基于Ubuntu 22.04操作系统

GPU模式支持

• 包含CUDA 11.8和cudnn 8运行时环境（cuda:11.8.0-cudnn8-runtime）

编程语言及工具链

• Perl：5.36.0（通过plenv管理）
• Python：3.10（通过Miniconda管理），预装MACS2-2.2.9.1
• R：4.x版本，包含BiocManager、Rstudio Desktop及Rstudio Server

生物信息学工具

• SAMtools 1.19.2
• SRAtoolkit 3.0.10
• BEDtools 2.31.0
• OpenBLAS 0.3.24

访问信息

• 默认用户：ubuntu，密码：ubuntu
• DockerHub地址：
  • [***]
  • [***]

更新日志

• 2024.02
  • 安装sudo
  • 将Miniconda从Python 3.9更新至Python 3.10
• 2024.01
  • 将SAMtools从1.17更新至1.19.2
  • 将SRAtoolkit从3.0.2更新至3.0.10
  • 工作目录从/opt变更为/home/ubuntu
• 2023.12
  • 更新ChIPseqTools（ssp v1.3.1和drompa+ v1.18.1）
• 2023.11
  • 移除环境变量LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/compat/:/usr/local/cuda/lib64
• 2023.10
  • 添加环境变量LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/compat/:/usr/local/cuda/lib64
• 2023.06
  • 安装fish
• 2022.09
  • 添加UCSC构建作为参数
  • 将bedtools从v2.30.0更新至v2.31.0
• 基于Ensembl 106版本

使用方法

运行镜像

• 普通模式（CPU）：

  bash
  docker run -it --rm rnakato/database /bin/bash
  

• GPU模式：

  bash
  docker run -it --rm --gpus all rnakato/database_gpu /bin/bash
  

• 以root用户运行（默认用户为ubuntu）：

  bash
  docker run -it --rm --gpus all -u root rnakato/database_gpu /bin/bash
  

从Dockerfile构建镜像

• 构建普通版本（CPU）：

  bash
  docker build -t youracount/database --target normal .
  

• 构建GPU版本：

  bash
  docker build -t youracount/database_gpu --target gpu .