staphb/sratoolkit Docker 镜像 - 轩辕镜像
staphb/sratoolkitStaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟的Docker镜像构建仓库，包含多种程序的Dockerfile，提供集中管理的Docker镜像，方便用户访问，并包含清晰的构建和使用文档。
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docker-builds
本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile和其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。本仓库的目的是提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
作者
每个Dockerfile都列出了特定Docker镜像的作者/维护者，但Docker镜像的作者/维护者如下：
- @kapsakcj
- @nwflorek
- @garfinjm
贡献方式
如果您想贡献自己的Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求（pull request）。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
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Docker用户指南
我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。
Docker用户指南
可用Docker镜像
您也可以在Docker Hub上查看镜像列表：[***]
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| SRA-toolkit   | [] [] |
| Kraken  1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2) | [] [] [***] |
| Roary ![docker pulls]([***] | 3.12.0 | [***] |
| CDC-SPN ![docker pulls]([***] | 0.1（无版本） | [***] |
| Shovill ![docker pulls]([***] | 1.0.4 | [***] |
| BWA ![docker pulls]([***] | 0.7.17 | [***] |
| Samtools ![docker pulls]([***] | 1.9 | [***] |
| cfsan-snp-pipeline ![docker pulls]([***] | 2.0.2 | [***] |
staphb/pangolin
by State Public Health Bioinformatics Community
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
31M+ pulls
上次更新：6 天前
staphb/samtools
by State Public Health Bioinformatics Community
基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
41M+ pulls
上次更新：18 天前
staphb/ivar
by State Public Health Bioinformatics Community
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
1M+ pulls
上次更新：4 个月前
staphb/bcftools
by State Public Health Bioinformatics Community
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
191M+ pulls
上次更新：18 天前
staphb/vadr
by State Public Health Bioinformatics Community
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
21M+ pulls
上次更新：2 个月前
staphb/kraken2
by State Public Health Bioinformatics Community
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
5500K+ pulls
上次更新：26 天前
轩辕镜像配置手册
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镜像拉取常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 访问，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像支持哪些镜像仓库？
专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等；免费版仅支持 docker.io。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"