dandiarchive/dandihub Docker 镜像 - 轩辕镜像

MATLAB Docker镜像

镜像概述和主要用途

该MATLAB Docker镜像是Dandi项目提供的Docker镜像之一，基于MATLAB Integration for Jupyter的自建镜像（BYOI）构建。它集成了matlab-proxy（支持通过浏览器与MATLAB通信）和jupyter-matlab-proxy（实现Jupyter与MATLAB的集成）。

镜像预装以下插件：

• matnwb v2.6.0.0
• Brain-Observatory-Toolbox v0.9.2

注意：使用此镜像需自备MATLAB许可证。

核心功能和特性

• Jupyter与MATLAB深度集成：在Jupyter环境中直接调用MATLAB功能
• 浏览器访问支持：通过matlab-proxy实现浏览器访问MATLAB
• 预装专业插件：内置神经科学数据分析工具matnwb和Brain-Observatory-Toolbox
• 插件扩展灵活：支持通过修改Dockerfile自定义添加/移除插件
• 自动化插件管理：构建时自动下载插件，MATLAB启动时自动添加至路径

使用场景和适用范围

适用于需要在Jupyter环境中使用MATLAB进行数据分析的研究人员，尤其适合处理神经科学数据（如NWB格式数据）的科研场景。

使用方法和配置说明

构建镜像

假设已克隆仓库并进入docker目录，执行以下命令构建镜像：

[source, bash]

docker build -t dandi-matlab - < Dockerfile.matlab

构建完成后，镜像将被标记为dandi-matlab。

运行容器

运行容器需指定端口映射，将容器内部端口（固定为8888）映射到主机端口：

[source, bash]

docker run -p 8888:8888 dandi-matlab:latest

• 语法说明：-p [主机端口]:[容器端口]，主机端口可根据系统情况修改

容器启动后，查看日志获取访问链接，示例如下：

[source]

To access the server, open this file in a browser: file:///home/jovyan/.local/share/jupyter/runtime/jpserver-6-open.html Or copy and paste one of these URLs: [] or []

本地访问时，复制127.0.0.1:8888/...格式的链接到浏览器。注意：若修改了主机端口，需同步更新链接中的端口号。

关闭会话

为避免MATLAB许可证会话残留问题，需正确关闭会话：

1. 点击MATLAB顶部栏上方的“MATLAB Jupyter Setting”按钮
2. 如需关闭MATLAB会话，点击“Stop MATLAB Session”
3. 如需退出Jupyter会话，点击“Sign Out”

注意：未正常关闭会话可能导致许可证被持续占用，需等待会话超时后才能重新连接。

添加新插件

可通过修改Dockerfile中的ARG ADDONS变量添加或移除插件。注意：插件下载链接必须是指向.zip文件的发布链接。

插件注册机制

插件注册分为两个阶段：

1. 镜像构建时：ADDONS变量引用的插件将被下载并提取至/opt/extras/dandi目录
2. MATLAB启动时：MATLAB自动扫描该目录，将所有插件添加至MATLAB路径（通过构建时修改startup.m实现）

如需插件额外激活操作，可在startup.m的以下位置添加代码： [source,dockerfile]

% ADD HERE EXTRA ACTIONS FOR YOUR ADD-ON IF REQUIRED!

自定义容器

可通过修改Dockerfile.matlab中的以下变量自定义容器：

• ADDONS_DIR：插件存储目录（默认/opt/extras/dandi），修改时需确保Jupyter用户有读写权限
• ADDONS_RELEASE：指定版本的插件列表
• ADDONS_LATEST：GitHub仓库最新版本的插件列表